Najnowsze badania z 2021 roku określiły jakość wód jeziora na II klasę, wskaźnikiem który zadecydował o tej klasyfikacji był stan makrozoobentosu, podczas gdy stan fitoplanktonu, makrofitów, ichtiofauny oraz fitobentosu oceniono jako bardzo dobry. Przeźroczystość wody akwenu określono na 4,8 metra. Głębokie pod względem zawartości chlorofilu a było w tym roku najczystszym ze wszystkich badanych jezior w kraju. Pod względem chemicznym wody jeziora zostały sklasyfikowane poniżej stanu dobrego, wpływ na to miało przekroczenie wartości I klasy dla związków rtęci, difenyloeterów bromowanych oraz heptachloru.
Jezioro Głębokie jest umiarkowanie podatne na wpływy antropogeniczne, zaliczone zostało do II klasy podatności na degradację. Większość wskaźników pozytywnie wpływa na odporność jeziora przed degradacją, w szczególności wysoka głębokość średnia, położenie wśród lasów, minimalny procent wymiany wód w ciągu roku oraz niewielka powierzchnia zlewni bezpośredniej. Problemem jest jedynie zbyt duża długość linii brzegowej w stosunku do objętości jeziora oraz niska stratyfikacja termiczna jego wód.
Jezioro nie jest objęte żadną formą ochrony przyrody.