Jezioro Głębokie wraz z sąsiednim jeziorem Grążyk oraz okolicznymi lasami zostały wymienione 16 kwietnia 1485 roku w przywileju nadanym Międzyrzeczowi przez króla Kazimierza IV Jagiellończyka. Dzięki temu mieszkańcy miasta mogli „zgodnie ze starożytnym zwyczajem w jeziorach zwanych Strzeleckie (obecnie Głębokie) i Linye (Grążyk) z wolą dzierżawienia, podobnie i w rzece sieciami mają prawo ryby łowić”. Oba jeziora miały podobną powierzchnię i były bogate w ryby. Płytszy Grążyk obfitował w liny, karasie i płocie. W sąsiednim Głębokim najcenniejsza była sielawa.
W XVIII wieku toczył się długotrwały spór o oba jeziora i otaczające lasy pomiędzy Międzyrzeczem, a opatem klasztoru cysterskiego w Bledzewie. Zakon od dawna posiadał lasy i pola obok pobliskiego Kalska i wysuwał roszczenia do miejskich posiadłości. Gdy opat zażądał okazania przywileju królewskiego, rada miasta 10 października 1647 roku wysłała delegację z dokumentem do Bledzewa. Zakonnicy przyjęli rajców miejskich bardzo gościnnie i urządzili ucztę. Gdy pijani rajcy posnęli, skradziono im przywilej królewski i z pustymi rękoma musieli wracać do domu. Międzyrzecz na kilkadziesiąt lat stracił jeziora i okoliczne lasy, natomiast mieszkańcy długo narzekali, że panowie rada las z jeziorami przepiliS. Cyraniak, Dawne dzieje jeziora Głębokiego i Grążyk.