W 1999 roku zespół został reaktywowany za sprawą starań władz miasta Tepatitlán. W 2015 roku właścicielem klubu został przedsiębiorca Manuel Lobato, a drużyna dołączyła do trzeciej ligi meksykańskiej, początkowo jako klub partnerski drugoligowego Atlético San Luis. Rozpoczęto też modernizację Estadio Gregorio „Tepa” Gómez, domowego obiektu klubu. W 2017 roku klub został sprzedany firmie IQ Finanzas, w której koordynatorem sportowym był Raúl Arias. W jesiennej fazie Apertura 2017 drużyna wygrała trzecią ligę. W 2018 roku w obliczu problemów finansowych Tepatitlán ponownie został przejęty przez Manuela Lobato, który uregulował zaległości klubu. W tym samym roku Tepatitlán wygrał baraż o awans do drugiej ligi, jednak z powodu niespełnienia wymagań licencyjnych nie został dopuszczony do rozgrywek. Zamiast tego klub otrzymał wyłącznie nagrodę finansową w wysokości 10 milionów pesos meksykańskich.