Podróże te przyczyniły się do zebrania szerokiego materiału dotyczącego roślinności i wydania przez niego pod koniec lat 40. XIX w. w Warszawie dzieła przyrodniczego pt. Flora Polska jawnokwiatowych rodzajów, czyli botaniczne opisy tak dzikich, jak i hodowanych pod otwartem niebem jawnokwiatowych Królestwa Polskiego roślin, uporządkowane wedlug zasad sztucznego układu a poprzedzone ogólnem wyobrażeniem o znaczniejszych przyrodzonych pokrewieństwach roślinnego królestwa przez Jakuba Wagę, Mag. Fil., Prof. bot. w Gimnazyum Łomżyńskiem”. Pierwszy tom został wydany w 1847 r. i liczył XIII + 766 stron, natomiast drugi tom – w 1848 r. i składał się z 679 stron. Trzeci tom od 681 do 820 stron zawierał Index Generum, speciorum et synonymorum, Spis rodzajów, gatunków i synonimów zawartych w t. I i II. Do tego tomu został też dołączony Ukaziciel polskich nazwisk na rodzaje królestwa roślinnego, opracowany przez Antoniego Wagę, brata Jakuba.
Flora Polska zawiera opisy 1061 gatunków dziko rosnących krajowych roślin na obszarze Królestwa Polskiego, na terenach środkowej i północno-wschodniej części Królestwa Polskiego, jak też gatunki uprawiane w kraju. W pracy tej Jakub Waga zastosował układ Linneusza, z uwzględnieniem zmian wprowadzonych przez C.K.