Badania archeologiczne wskazują, że stanowisko było zamieszkiwane od około 200 roku p.n.e. a jego okolice od około 1000 roku p.n.e. Pierwsze kamienne budowle powstały ok. 700 roku n.e. W szczytowym momencie miasto posiadało rozległy kompleks świątyń, centrum administracyjne oraz liczne budynki mieszkalne. Podobnie jak w przypadku innych majańskich miast, przyczyny jego opuszczenia nie są do końca jasne, ale prawdopodobnie mogły mieć związek z przeludnieniem, nadmiernym wyjałowieniem ziemi lub podbojem militarnym.
Po hiszpańskim podboju w XVI wieku i związanym z nim nawróceniu Majów na chrześcijaństwo, Chacchoben popadło w zapomnienie. W 1942 roku rolnik Servilliano Cohuo, szukając miejsca na założenie farmy, odkrył na obrzeżach pobliskiej dżungli ruiny miasta. Oczyścił część terenu, zbudował dom i przez trzydzieści lat mieszkał tam z rodziną.
W 1972 roku, amerykański archeolog dr Peter Harrison przelatując helikopterem nad okolicą zauważył nietypowe zmiany w topografii terenu. Postanowił dokładniej je zbadać, w wyniku czego znalazł Cohuo i jego rodzinę.