We wrześniu 1942 roku szkoła oficjalnie zmieniła swoją nazwę na Publiczną Szkołę Handlową. Zawierała ona 4 oddziały klas pierwszych i 2 oddziały klas drugich. W roku szkolnym 1943/44 władze okupacyjne pozwoliły jedynie na 2 oddziały klasy pierwszej i 2 oddziały klasy drugiej. Zmniejszono też liczbę kadry nauczycielskiej do zaledwie 11, jednocześnie podnosząc obowiązujące pensum godzin do 26 godzin lekcyjnych tygodniowo. Latem 1943 roku szkoła przeniosła się do pustostanu znajdującego się koło klasztoru bożogrobców i tam została aż do 16 stycznia 1945 roku, kiedy to zakończyła się niemiecka okupacja Miechowa. Ta przeprowadzka odbyła się z zajęcia przez wojsko niemieckie budynku szkoły na potrzeby szpitala wojskowego.
Od razu po wyzwoleniu przystąpiono do odnowy szkoły, która przybrała nazwę Miejskiego Koedukacyjnego Gimnazjum Kupieckiego i rozpoczęła działalność już 1 lutego 1945 roku w prywatnym budynku przy ulicy Sobieskiego 1. Szkoła liczyła 6 oddziałów i utrzymywała się z opłat czesnego. Dyrektorem szkoły został Józef Wędzki, a od kwietnia Emil Biedrzycki. W roku szkolnym 1945/46 szkoła liczyła 10 oddziałów, a grono pedagogiczne powiększyło się o nowych nauczycieli. Przybyli: L. Kozar, R. Kowalczuk, ks. Kurdybanowski, L. Stobierski, Tyliszczek, Ziemnicki.