W 1583 roku zamek spaliła okoliczna szlachta, która sprzeciwiała się lennym prawom sądowym, jakie mieli nad nimi Górkowie. W latach 1588–1590 na zamku, z rozkazu hetmana Jana Zamoyskiego, zmuszony był mieszkać Stanisław Górka, co było karą za to, że w bitwie pod Byczyną walczył po stronie Maksymiliana III Habsburga. W 1593 r. od spadkobierców Górków odkupił zamek hetman Jan Zamoyski, który wcielił go wraz z okolicznymi dobrami do Ordynacji Zamojskiej. Zamoyscy byli właścicielami zamku do 1772 roku. W XVII i XVIII wieku w wieży zamkowej odbywały się sądy i mieściło się więzienie dla szlachty.
W 2017 roku radni w głosowaniu wyrazili zgodę na zakup przez Gminę Szczebrzeszyn wzgórza zamkowego od rodziny Wesołowskich, co zrealizowano w styczniu 2018 roku. W latach 2022–2023 za kwotę około 3,1 mln zł zbudowano w miejscu wieży zamkowej platformę widokową. Architektura Głównym budynkiem zamku była kamienna, czworoboczna wieża o trzech kondygnacjach z renesansową dekoracją i boniowanymi narożami, którą dawniej otaczały drewniane zabudowania gospodarcze oraz palisadaJ. Radzik, Z. Bednarczyk, Szczebrzeszyn-Zamczysko. Inwentaryzacja Archeologiczno-Konserwatorska, wykonana w Pracowni Projektowej Przedsiębiorstwa Państwowego Pracownie Konserwacji Zabytków w Zamościu (maszynopis), Zamość 1981.I.