Podczas trwającej wojny domowej z lat 1992–1996 siły tegoż ugrupowania dopuszczały się tortur, gwałtów oraz egzekucji na północy kraju oraz w Kabulu; wraz z siłami Stowarzyszenia Muzułmańskiego (Dżamiatu) zwalczała także siły hekmatjarowskiej Partii Islamskiej (Hezb-e Islami).

Na początku 1992 roku Dżunbisz miał wpływy w prowincjach Samangan, Balch, Dżozdżan, Farjab i Baghlan. W marcu tegoż roku pod kontrolą Dżunbiszu znalazło się miasto Mazar-i Szarif, któremu, w odróżnieniu od miasta Kabul, udało się uniknąć poważnych walk; mimo zróżnicowania etnicznego w tym mieście, udało się utrzymać stabilny podział władzy między Narodowym Islamskim Ruchem Afganistanu, Stowarzyszeniem Muzułmańskim oraz Partią Islamską. Sytuacja zmieniła się w 1994 roku po sprzymierzeniu się sił Abdurraszida Dostuma z siłami Gulbuddina Hekmatjara przeciwko frakcji Szura-e Nazar w walkach o Kabul; w Mazar-i Szarifie wybuchły walki między siłami Dżunbiszu a siłami Dżamiatu, w wyniku których zginęło kilkaset osób, a obie strony dokonywały egzekucji na więźniach.