Po ukończeniu studiów został zastępcą dyrektora stadniny w Janowie Podlaskim.
11 września 1939 na polecenie władz uczestniczył w ewakuacji stadniny na wschód, ale po 17 września podjęto decyzję powrotu do Janowa Podlaskiego, co nastąpiło 24 września. Tego samego dnia do miasta wkroczyły oddziały Armii Czerwonej i rozpoczęła się grabież koni, sprzętu i paszy. Materiał zarodowy zaginął w ok. 90%. Z tego powodu Krzyształowicz w październiku 1939 ucieka z Janowa. Powraca w styczniu 1940 i zatrudniony zostaje początkowo na stanowisku masztalerza, następnie koniuszego i asystenta technicznego stadniny pod zarządem niemieckim i jego komendanta płk. Hansa Fellgiebela. Inżynier Krzyształowicz przez całą okupację brał aktywny udział w odtwarzaniu janowskiego stada, które w końcu 1942 osiągnęło stan ilościowy z dnia wybuchu wojny.
16 lipca 1944 ma miejsce następna ewakuacja stadniny wraz z 55 pracownikami pod kierownictwem Andrzeja Krzyształowicza, tym razem na zachód do Niemiec transportem kolejowym początkowo do miasteczka Sohland w Saksonii. Wraz z nim ewakuowała się także jego żona i córka.