20 grudnia 2007 roku Cañizares oraz David Albelda i Miguel Ángel Angulo zostali odsunięci od kadry Valencii przez nowego trenera Ronalda Koemana. Wychowanek Realu nie mógł już jednak zmienić zespołu, ponieważ rozegrał już w sezonie cztery ligowe mecze. Gdy nowym szkoleniowcem „Nietoperzy” został Voro, Cañizares powrócił do drużyny, a z powodu kontuzji Timo Hildebranda i Juana Luisa Mory wystąpił w wygranym 3:0 pojedynku z CA Osasuna.
16 maja 2008 roku Cañizares zgodził się na rozwiązanie swojego kontraktu z Valencią, który miał obowiązywać do lata 2009 roku. Ostatni mecz rozegrał dwa dni później, 18 maja w zwycięskim 3:1 meczu przeciwko Atlético Madryt, po czym zakończył sportową karierę. W ostatnim roku gry w Valencii Cañizares razem z drużyną wywalczył Puchar Króla.
Kariera reprezentacyjna W 1992 roku Cañizares razem z reprezentacją Hiszpanii wziął udział w Igrzyskach Olimpijskich w Barcelonie, na których razem z drużyną narodową na turnieju piłkarskim wywalczył złoty medal. Oficjalny debiut w reprezentacji zaliczył 17 listopada 1993 roku w wygranym 1:0 meczu z Danią rozegranym w Sewilli. Wszedł na boisko w 10. minucie, kiedy to pierwszy bramkarz reprezentacji Hiszpanii, Andoni Zubizarreta, otrzymał czerwoną kartkę za faul na Michaelu Laudrupie.