Po zniszczeniach, w 1948 zrekonstruowano zwieńczenie wieży.
W 2016 podczas prac remontowych odkryto wykonany z piaskowca gotycki maswerk z XIV wieku.
Sanktuarium św. Józefa mały|lewo|Widok kościoła przed 1858 thumb|left|Barokowe wnętrze bazyliki Początki kultu św. Józefa w Kaliszu sięgają 1670, kiedy miał zostać uzdrowiony – według wiernych, za przyczyną św. Józefa – chłop, mieszkaniec wsi Szulec, który w ramach wdzięczności ufundował obraz Świętej Rodziny, umieszczając go w kolegiacie. Znaczny rozwój kultu św. Józefa przypadł na drugą połowę XVII wieku i na XVIII wiek.
Do znacznego rozwinięcia i znaczenia kultu św. Józefa po II wojnie światowej przyczyniły się trzy wydarzenia: wyzwolenie księży – więźniów z niemieckiego obozu koncentracyjnego w Dachau (29 kwietnia 1945), utworzenie w Kaliszu Polskiego Studium Józefologicznego (24 września 1969) oraz wizyta papieża Jana Pawła II w kaliskim sanktuarium (4 czerwca 1997).