W okresie sprawowania urzędu patriarchy przez Joazafa II w Rosyjskim Kościele Prawosławnym zostały wdrożone zreformowane księgi i obrzędy, czemu towarzyszyły prowadzone przez carską administrację prześladowania staroobrzędowców. Joazaf II w pełni je popierał. W 1668 polecił pozbawiać parafii kapłanów, którzy odmawiali wykorzystywania w pracy duszpasterskiej zreformowanych ksiąg liturgicznych, zaś osoby wypiekające prosfory z krzyżem o ośmiu końcach kierować do monasterów w celu odbycia pokuty. Patriarcha wrogo odnosił się również do wszelkich przejawów wpływu cywilizacji zachodnioeuropejskiej na kulturę rosyjską. Organizował działalność misyjną na Rosyjskiej Północy i na Syberii. Inicjował publikowanie ksiąg liturgicznych oraz tekstów teologiczno-polemicznych, broniących prawd wiary prawosławnej przeciwko stanowisku katolików i staroobrzędowców. Zmarł w 1672 i został pochowany w soborze Zaśnięcia Matki Bożej na Kremlu moskiewskim.