W 2005 roku Chalatenango zakupił licencję beniaminka pierwszej ligi, klubu Coca Cola, za kwotę 250 tysięcy dolarów i tym samym powrócił do Primera División. W jesiennym sezonie Apertura 2008 zespół odniósł pierwszy duży sukces w swojej historii, zdobywając wicemistrzostwo Salwadoru. W 2009 roku drużyna po raz pierwszy zakwalifikowała się do międzynarodowych rozgrywek – Ligi Mistrzów CONCACAF (jako druga drużyna w łączonej tabeli sezonów Apertura 2008 i Clausura 2009). Ostatecznie nie wzięła w nich jednak udziału (została zastąpiona przez CD Luis Ángel Firpo), gdyż władze zmagającego się z problemami finansowymi klubu sprzedały licencję zespołowi Municipal Limeño i klub Chalatenango zakończył swoją działalność. Jego miejsce w mieście na krótko zajęła nowo powstała ekipa Alacranes del Norte.
Zespół Chalatenango został reaktywowany już w 2010 roku i rozpoczął występy w trzeciej lidze, by w 2013 roku awansować na drugi szczebel rozgrywek. W 2015 roku, w ramach rozszerzenia salwadorskiej Primera División z dziesięciu do dwunastu drużyn, Chalatenango wykupił licencję na grę w pierwszej lidze i po sześciu latach przerwy powrócił do najwyższej klasy rozgrywkowej.