Powstanie kaplicy Przed wojną Collegium Bobolanum miało co najmniej dwie kaplice w budynku Wydziału. Prawdopodobnie podczas i krótko po wojnie kapelni mogli korzystać z przedwojennych kaplic zakonnych. Jednak rozkazem Michała Roli-Żymierskiego od roku 1947 za duszpasterstwo odpowiadała Parafia Garnizonu Lublin i od tego czasu msze nie były już sprawowane w budynkach szpitalnych. Od 30 lipca 1990 dzięki staraniom proboszcza garnizonowego w budynku utworzono kaplicę pw. Matki Bożej Bolesnej, w dawnym refektarzu zakonnym. W roku 1994 formalnie erygowano kaplicę i wyznaczono kapelana szpitala, który codziennie odprawia mszę i nabożeństwa oraz odwiedza chorych.
W 2021 odnowiono kaplicę, ustawiono nowy ołtarz i ambonkę, oraz zawieszono nowy krucyfiks i stacje drogi krzyżowej. Nowe elementy wystroju zaprojektował ks. Marek Dobosz. Stacje drogi krzyżowej nawiązują do tych z bazyliki w La Salette. W podstawie ołtarza umieszczono jest herb Towarzystwa Jezusowego, jako pamiątkę pierwszych gospodarzy.