W klubie z Zagłębia Ruhry spędził pięć lat. To w Borussii został przesunięty do linii obrony i z czasem stał się jednym z najlepszych libero w Europie. Potwierdzeniem wysokiej formy było Euro 1996, na którym reprezentacja Niemiec zdobyła złoty medal. Po tym turnieju niemieccy dziennikarze nazwali go nowym Franzem Beckenbauerem. Pod koniec roku otrzymał Złotą Piłkę magazynu France Football dla najlepszego zawodnika grającego w ligach europejskich. Kilka miesięcy wcześniej świętował drugi (wcześniej w 1995) tytuł mistrza kraju z Borussią. W 1997 roku, po zwycięstwie w finale 3:1 z Juventusem, zdobył z nią Puchar Mistrzów.
W październiku 1997 doznał poważnej kontuzji kolana, która wyeliminowała go nie tylko z udziału w MŚ 1998, ale zmusiła do zakończenia piłkarskiej kariery. Sammer miał wówczas 30 lat.
Żaden z piłkarzy mających za sobą grę w drużynie narodowej NRD nie miał w reprezentacji zjednoczonych Niemiec tak silnej pozycji jak on.
Sukcesy piłkarskie mistrzostwo NRD 1989 i 1990 oraz Puchar NRD 1990 z Dynamem Drezno mistrzostwo Niemiec 1992 z VfB Stuttgart mistrzostwo Niemiec 1995 i 1996 oraz Puchar Mistrzów 1997 z Borussią Dortmund
W reprezentacji NRD od 1986 do 1990 roku rozegrał 23 mecze i strzelił 6 goli.