Głównym zadaniem Santiniego było odmłodzenie kadry i poprzez udany występ na Euro 2004 zmazanie plamy po komprominacji z Mundialu 2002. Po zwycięskich eliminacjach do mistrzostw Europy selekcjoner naraził się kibicom i działaczom Francuskiego Związku Piłkarskiego, mówiąc, że podpisał już wstępny kontrakt z Tottenhamem Hotspur, do którego odejdzie tuż po turnieju. Odtąd w prasie francuskiej zaczęły pojawiać się komentarze, że Santini traktuje pracę z reprezentacją jako sezonowy zarobek. Jednak już po pierwszym meczu mistrzostw wszelka krytyka ucichła – Francja w niebywałych okolicznościach (do '91 minuty przegrywała 0:1) wygrała z Anglią. Sukces był tym większy, że w kadrze Santiniego wciąż grali najbardziej doświadczeni zawodnicy (Barthez, Thuram, Lizarazu, Desailly, Vieira i Zidane), a szkielet drużyny, wbrew wcześniejszym zapowiedziom trenera, od czasu japońsko-koreańskiego Mundialu pozostał właściwie nienaruszony. Francuzi po remisie (2:2) z Chorwacją i zwycięstwie 3:1 nad Szwajcarią zakończyli rozgrywki grupowe na pierwszym miejscu. W ćwierćfinale po słabym meczu ulegli niespodziewanie Grecji.