Józef został zmuszony do zamieszkania w Monasterze Sołowieckim.
Joazaf utrzymywał kontakty z innymi autokefalicznymi Kościołami prawosławnymi.
Próba wdrażania w życie postanowień Soboru Stu Rozdziałów i moralnej naprawy społeczeństwa Główną sferą zainteresowań i aktywności patriarchy były problemy związane z praktyką liturgiczną, w szczególności wdrażanie postanowień Soboru Stu Rozdziałów dotyczących porządku podczas nabożeństw. Sobór wprowadzał jako obowiązkowy śpiew jednogłosowy, wykonywanie jednej partii liturgii w jednym czasie, zabraniał rozmów w czasie nabożeństwa i zezwalania na zabawę dzieci w cerkwi podczas nabożeństwa. Tymczasem, jak przekonał się patriarcha, praktyką powszechną stało się mnogogłasije – wykonywanie w tym samym czasie nawet sześciu różnych fragmentów nabożeństwa w celu jego skrócenia, uniemożliwiające w rzeczywistości zrozumienie treści modlitw. Szczególnie powszechny zwyczaj ten stał się w cerkwiach i monasterach Moskwy. Powszechne było również omijanie poprzedzających Świętą Liturgię krótkich nabożeństw tzw. godzin, niestaranne odprawianie nabożeństw jutrzni i nabożeństwo paschalnych. W cerkwiach gromadzili się żebracy, przeszkadzając w odprawianiu nabożeństw, niekiedy fałszywie podając się za mnichów.