Likwidacja Decyzją ministra obrony Władysława Kosiniak-Kamysza 15 grudnia 2023 roku podkomisja została zlikwidowana, a jej przewodniczący Antoni Macierewicz został zobowiązany do zakończenia prac podkomisji, a także przekazania materiałów z jej prac, w tym również niejawnych, do Komisji Badania Wypadków Lotniczych Lotnictwa Państwowego. Wiceminister MON Cezary Tomczyk stwierdził, że to jest koniec kłamstw w imieniu państwa polskiego. To koniec wydatkowania setek milionów złotych na działalność, która nie ma nic wspólnego z wyjaśnianiem przyczyn katastrofy, ale wiele ma wspólnego z polityką. Z decyzją nie zgodził się Antoni Macierewicz, stwierdzając, że likwidacja jest bezprawna i że żaden urzędnik polski nie może unieważnić działania podkomisji jako organu niezależnego. Postępowanie MON nazwał czystym bezprawiem i zapowiedział dalsze działanie podkomisji, twierdząc, że zgodnie z prawem podkomisji nie można zlikwidować do momentu zakończenia jej prac, czyli sierpnia 2024 roku.
Kontrowersje Jednym z eksperymentów podkomisji miało być przywiązanie do trabanta brzozy, a następnie miano z nią jeździć po lotnisku. Z eksperymentu ostatecznie zrezygnowano ze względu na koszty.