Znajduje się w granicach obszarów Natura 2000: obszaru specjalnej ochrony ptaków Lasy Puszczy nad Drawą PLB320016 oraz specjalnego obszaru ochrony siedlisk Uroczyska Puszczy Drawskiej PLH320046, a także obszaru chronionego krajobrazu Puszcza Drawska.
Charakterystyka Cel ochrony stanowi „zachowanie ze względów naukowych i dydaktycznych kompleksu torfowisk wraz z mozaiką towarzyszących im siedlisk wodnych i bagiennych oraz stanowiskami cennych roślin naczyniowych”. Dla rezerwatu ze względu na dominujący przedmiot ochrony określono typ biocenotyczny i fizjocenotyczny oraz podtyp biocenoz naturalnych i półnaturalnych, zaś ze względu na główny typ ekosystemu – typ różnych ekosystemów oraz podtyp mozaiki różnych ekosystemów.
Chroniony kompleks wodno-torfowiskowy składa się z dwóch basenów (północne jezioro eutroficzne Linkowo i południowe jezioro Linkówko) wraz z dzielącą je mineralną grzędą, przy czym samo jezioro Linkówko stanowi eksklawę wewnątrz rezerwatu. Obydwa zbiorniki wodne otoczone są szuwarem trzcinowym Phragmitetum australis, szuwarem turzycy błotnej Caricetum acutiformis oraz szerokim szuwarem kłoci wiechowatej Cladietum marisci, grzędę porastają zaś olsy torfowcowe Sphagno squarrosi-Alnetum.