Mimo iż wielokrotnie narzekano na defensywny i mało finezyjny styl gry drużyny, to właśnie za czasów Houlliera The Reds odnieśli swoje największe od lat 80. sukcesy. Najbardziej owocny okazał się rok 2001, w którym Liverpool sięgnął po koronę, czyli wywalczył trzy trofea (Puchar Anglii, Puchar Ligi i Puchar UEFA). Wtedy też Houllier dostał ataku serca i po skomplikowanej operacji musiał rozstać się z futbolem na sześć miesięcy. Pierwszy raz problemy zdrowotne szkoleniowca dały o sobie znać w czasie pracy w PSG. Wówczas również przez kilkanaście tygodni odpoczywał od zajęć w klubie.
Po sześciu latach w 2004 roku został zwolniony z Liverpoolu po kilku porażkach w lidze.
Przez wiele tygodni Houllier pozostawał bezrobotny, chociaż nie mógł narzekać na brak propozycji (był poważnym kandydatem do objęcia funkcji selekcjonera reprezentacji Walii). W połowie 2005 roku zastąpił Paula Le Guena na stanowisku trenera Olympique Lyon. W sezonie 2005–2006 doprowadził go do zwycięstwa we francuskich rozgrywkach ligowych.
Po odejściu z Lyonu (2007), podobnie jak w latach 1990–1998 był dyrektorem technicznym francuskiej federacji. Do zawodu trenera powrócił we wrześniu 2010 roku, obejmując angielską Aston Villę. 1 czerwca 2011 roku został zwolniony z funkcji trenera Aston Villa.