II wojna światowa Z Kurcyuszem brała udział w obronie Warszawy, zakładając jedno z pierwszych informacyjnych pism, gdzie publikowali informacje z nasłuchów radiowych. Kurcyusz z końcem 1939 wyjechał do Francji, natomiast Rutkowska na początku 1940 zamieszkała w Gidlach, gdzie dołączył do niej mąż. Pracowali w rodzinnym przedsiębiorstwie, jednocześnie prowadząc działalność konspiracyjnąK. Jóźwik, Maria Rutkowska-Kurcyuszowa (1910-2000), [w:] Słownik biograficzny polskiego obozu narodowego, red. K. Kawęcki, t. 2, Warszawa 2021, s. 253..
Została aresztowana przez Gestapo i w czerwcu 1941 znalazła się w więzieniu w Częstochowie, a w 1942 w Radomiu. W czerwcu 1942 znalazła się w obozie w Ravensbrück. W 1943 trafiła do filii obozu Neubrandenburg, a w 1944 Waldbau. Jej mąż został również aresztowany i pod koniec 1944 został rozstrzelany w Groß-Rosen. Uciekła z marszu ewakuacyjnego w kwietniu 1945 i już w maju była z powrotem w Gidlach. Już w obozie pisała wiersze, w których przedstawiała rzeczywistość za drutami kolczastymi.