Na ich rytualną aktywność w ruinach wskazywały pozostałości naczyń ceramicznych, kadzideł oraz misek, na które w swoich opracowaniach zwracali uwagę Teoberto Maler (1901) i Mary Butler (1935).
Pierwszej identyfikacji i opisu stanowiska dokonał w 1892 roku francuski podróżnik Louis Chambon. W 1889 roku zatrzymał się w Tenosique de Pino Suárez w drodze do Palenque, gdzie dowiedział się o ruinach Piedras Negras. Kilka dni później udał się tam w towarzystwie swojego przewodnika. Jego relacja zawierała tylko krótki opis ruin, ale obejmowała opis Ołtarza 4 i Roca de los Sacrificios.
Latem 1895 roku stanowisko odwiedził Teoberto Maler (prawdopodobnie nieświadom wizyty Chambona) po tym, gdy dowiedział się o ruinach od handlarza drewnem z El Cayo Dona Transito Mejenesa. Jego pierwsza wizyta trwała jedynie kilku godzin z powodu braku ekipy i zaopatrzenia. Jednakże badacz jeszcze tego samego lata powrócił na miejsce, gdzie przez piętnaście dni prowadził badania. Dokonał też pierwszych zdjęć stanowiska oraz udokumentował odkryte rzeźby. W 1898 roku, dzięki finansowemu wsparciu Peabody Museum of Archaeology and Ethnology powrócił do Piedras Negras na czteromiesięczne wykopaliska.