Nielegalne wydobycie złota Głównym zagrożeniem dla parku są, istniejące od lat osiemdziesiątych XX wieku, nielegalne kopalnie złota. Znajdują się one przeważnie w rejonie stoliwa Cerro Yapacana i są kontrolowane m.in. przez byłych partyzantów z Rewolucyjnych Sił Zbrojnych Kolumbii i Armii Wyzwolenia Narodowego oraz przez najpotężniejszy gang Brazylii – Primer Comando Capital (PCC). Do pracy w kopalniach wykorzystywana jest w dużej części miejscowa ludność. Złoto wywożone jest niewielkimi samolotami operującymi z nielegalnych lądowisk. Co jakiś czas do parku wyruszają ekspedycje wojskowe, które próbują zlikwidować kopalnie. Jak podały władze Wenezueli, 13 września 2023 roku podczas kolejnej ekspedycji doszło do starć z nielegalnymi górnikami, w wyniku których dwie osoby zginęły, a sześć zostało rannych.
Flora W parku rosną krytycznie zagrożone wyginięciem (CR) Tepuianthus yapacanensis i Symplocos yapacanensis, narażona na wyginięcie (VU) Pentamerista neotropica, a także m.in.