Stawy śródleśne i mokradła są środowiskiem licznych gatunków ptaków wodno-błotnych, jak bąk, bekas, brzęczka, cyraneczka, gągoł, gęgawa, kropiatka, kulik wielki, łabędź krzykliwy, mewa śmieszka, podgorzałka, słonka, samotnik, tracz nurogęś, zielonka czy żuraw. Znaczące są również populacje miejscowych ptaków drapieżnych – bielika, błotniaka stawowego, jastrzębia, kani czarnej, kani rdzawej, kobuza, krogulca i trzmielojada.
W rzekach płynących przez Bory żyją pstrągi potokowe, trocie wędrowne, lipienie i głowacice. W Kwisie koło Osiecznicy i Kliczkowa miała swoje stanowisko skójka perłorodna – małż wytwarzający szlachetne perły. Na skutek reintrodukcji zwiększyła się populacja bobra.
Formy ochrony przyrody Rezerwat przyrody Brzeźnik – na południe od Kierżna Rezerwat przyrody Buczyna Szprotawska – pomiędzy Lesznem Dolnym a Piotrowicami, na południe od drogi krajowej nr 12 Rezerwat przyrody Torfowisko Borówki – na północ od Borówek Rezerwat przyrody Torfowisko pod Węglińcem – na północ od Węglińca Rezerwat przyrody Wrzosiec koło Piasecznej – pomiędzy wsiami Piaseczna i Stary Węgliniec obszar chroniony mewy śmieszki – w rozlewiskach Bobru koło Kozłowa Obszar Chronionego Krajobrazu Bory Dolnośląskie – w północno-zachodniej części mezoregionu Rezerwat przyrody Przygiełkowe Moczary Rezerwat przyrody Zacisze Rezerwat