Zarządził konfiskatę majątku kilkuset obywateli, a wiele osób zostało na jego rozkaz zamordowanych, łącznie z jego rodzonym bratem Venancio Lópezem, członkami rządu, sędziami, biskupami i innymi ważnymi osobistościami, a nawet przedstawicielami dyplomatycznymi innych państw.
Śmierć W końcu López został zepchnięty przez wrogie wojska do północnej części kraju. 1 marca 1870 został zaskoczony przez Brazylijczyków i zabity podczas próby ucieczki, gdy przepływał rzekę Aquidaban, koło Cerro Corá. Przeszyty lancą, miał powiedzieć przed śmiercią: „Umieram wraz z moją ojczyzną”. Jego syn Panchito, mianowany przez ojca pułkownikiem, odmówił złożenia broni i również zginął. Według legendy Eliza Lynch pochowała ich gołymi rękami. Szczątki dyktatora spoczęły w mauzoleum na wzór paryskiego Pałacu Inwalidów.
Śmierć Lópeza zakończyła najkrwawszą wojnę w historii Ameryki Południowej. Ludność kraju została zdziesiątkowana, a jego terytorium zmniejszyło się o jedną czwartą. Paragwaj musiał się także długo borykać z katastrofą demograficzną (po wojnie spośród 220 tys. mieszkańców było zaledwie 28 tys.