Nazwa gatunkowa składa się z dwóch wyrazów z języka mapucze, kaniu (grzebień) i kura (kamień), co nawiązuje do jego głębokiej żuchwy.
Klasyfikacja mały|242x242px|Porównanie rozmiarów Jakapil kaniukura do dorosłego człowieka Ze względu na połączenie cech zaobserwowanych u bazalnych dinozaurów ptasiomiednicznych, bazalnych tyreoforów i ankylozaurów analiza filogenetyczna klasyfikuje Jakapil jako bazalnego tyreofora poza kladem Eurypoda (obejmującym ankylozaury i stegozaury). Zespół paleontologa Facundo Riguettiego wysnuł w 2022 r. hipotezę, na podstawie której Jakapil miał być przedstawicielem dotychczas nieznanego kladu tyreoforów. Klad ten mógł się oddzielić podczas synemuru.
Status Jakapil jako należącego do tyreoforów jest kwestionowany przez niektórych badaczy. Powodem tych stojących w kontrze do ustaleń Riguettiego hipotez są liczne cechy niespotykane u przedstawicieli Thyreophora. Jedyną cechą, jaką Jakapil dzielił ze znanymi tyreoforami, były pancerne płytki, mimo że te posiadane przez Jakapil były niższe. Dodatkowo zęby Jakapil miały morfologię inną niż u innych dinozaurów ptasiomiednicznych. W związku z tym stwierdzono, że Jakapil prawdopodobnie jest rodzajem opancerzonego marginocefala lub przedstawiciela nienazwanej jeszcze linii ptasiomiednicznych dinozaurów, innej niż tyreofory.