W Polsce nieobecnego króla zastąpili dwaj namiestnicy, którzy wkrótce popadli w konflikt, co sprawiło, że państwu groził poważny kryzys.
W związku z tym, że Elżbieta – wdowa po zmarłym władcy czeskim i węgierskim, Albrechcie II urodziła syna Władysława Pogrobowca, którego chciała osadzić na tronie, pomiędzy jej stronnictwem a stronnictwem Władysława Warneńczyka rozgorzała dwuletnia wojna domowa. Elżbieta zbiegła do Austrii, a na obrońcę praw swojego syna wyznaczyła Jana Jiskrę, który na czele 5 tys. wojsk opanował północną i zachodnią część dzisiejszej Słowacji, w tym Spisz i Bańską Bystrzycę. W grudniu 1440 roku wojska Władysława odniosły zwycięstwo pod Bátaszék, a w lutym 1441 r. zdobyły Ostrzyhom. W tym samym miesiącu Jiskra rozbił siły królewskie pod Koszycami. 19 sierpnia Władysław zawarł ugodę z panującymi w Słowenii Fryderykiem Cilly i Ulrykiem Cilly – dotychczasowymi stronnikami Elżbiety. Jesienią 1441 roku wojskom królewskim nie udało się zdobyć Koszyc, a dodatkowo 15 października wojska Elżbiety zdobyły Kieżmark. Z kolei oddziałom królewskim udało się obronić Tyrnawę. Wojna kończy się 15 grudnia 1442 roku układem pokojowym w Győr. W zamian za uznanie Władysława III jako króla Węgier, miałby on poślubić Elżbietę i ogłosić Władysława Pogrobowca swoim dziedzicem jako króla Węgier.