Lata 2001-2005 Po spadku do IV ligi, drużyna z Płocka w sezonie 2001/2002 zajęła 7. miejsce, jednak z powodu reorganizacji rozgrywek w województwie mazowieckim i powołaniu pośredniego szczebla pomiędzy IV ligą i klasą okręgową, Orlen II Płock spadł do Mazowieckiej Ligi Seniorów, czyli na V szczebel rozgrywkowy. Tam zespół spędził 1 sezon, wygrywając, już pod nazwą Wisła II Płock, grupę północną w sezonie 2002/2003. W następnych sezonach klub zajął odpowiednio 11. i 13. miejsce. Ten drugi wynik oznaczał spadek z IV ligi, jednak klub został wycofany po zakończeniu sezonu.
"Nowa" III liga (sezony 2008/2009 i 2009/2010) Wisła II Płock ponownie w rozgrywkach seniorów pojawiła się w sezonie 2008/2009, kiedy Mazowsze Płock, które uzyskało prawo do gry w zreformowanej III lidze kosztem Radomiaka Radom, stało się rezerwami Wisły. Sezon klub zakończył na 12. miejscu, dzięki czemu utrzymał się w III lidze. W następnym sezonie drużyna nie miała już tyle szczęścia i zajęła 14. miejsce, które oznaczało spadek do IV ligi.
IV liga (lata 2010–2024) Po spadku do IV ligi, Wisła II Płock występuje w każdym kolejnym sezonie w tej lidze – od sezonu 2010/2011 do sezonu 2021/2022 w grupie mazowieckiej północnej, a sezony 2022/2023 i 2023/2024 w grupie mazowieckiej. W 2024 roku zespołowi udało się awansować do III ligi, gr.