Bitwa Cunha postanowił zdobyć miasto. Do ataku dołączył szejk z sąsiedniego miasta Otondo, pozostający w konflikcie z sułtanem Mombasy, a także Mumbo Mohamed, syn człowieka, który wcześniej podejmował Vasco da Gamę, gdy ten odwiedził miasto. Sułtan Mombasy silnie ufortyfikował port i sprowadził do miasta 600 łuczników (C.H. Stigand podaje liczbę dziesięciokrotnie większą). Fortyfikacje obejmowały baterię z 8 ciężkimi działami, odzyskanymi z portugalskich wraków, zlokalizowaną u ujścia rzeki, w której zatopiono kilka statków dla utrudnienia nawigacji; palisady i barykady w samym mieście, którego głównej bramy broniło 5 armat.
Portugalczycy popłynęli w górę portu w Mombasie, mijając umocnienia mimo celnego ognia obrońców i zakotwiczyli przed miastem, które zbombardowali. Następnego ranka na Kilindini wysadzili 450 ludzi, w tym 60 arkebuzerów. Portugalczycy napotkali jedynie symboliczny opór ze strony grup łuczników w drodze do miasta, które zdobyli kosztem zaledwie 25 rannych. Sułtan Mombasy opuścił miasto wraz z jego mieszkańcami.