Geografia Miasto położone jest na południowo-zachodnim krańcu Kalifornii i kontynentalnego USA, ok. 2 godzin jazdy samochodem od Los Angeles. Na południu graniczy z Meksykiem. Po stronie meksykańskiej znajduje się miasto Tijuana. Na zachodzie – Ocean Spokojny, na wschodzie – pasmo gór (Laguna Mountains) i pustynny Park Stanowy Anza-Borrego. Samo miasto poprzecinane jest kanionami. Przez miasto przepływa rzeka San Diego (ang. ).
Klimat W San Diego występuje klimat śródziemnomorski. Lata są suche i ciepłe, zimy – łagodne. Średnia temperatura roczna to +18,0 °C (średnie maksimum +21,6 °C a średnie minimum +14,5 °C), roczny opad wynosi 274 mm (średnio 43 dni z opadami >¼ mm). Opady występują głównie od stycznia do marca, 52–58 mm miesięcznie. Latem temperatura w dzień wynosi od +22 do +26 °C, tylko przez kilka dni w roku osiąga +32 °C. Roczne nasłonecznienie wynosi 3057 godz. Zimy są łagodne, z temperaturami od +16 do +19 °C.