Nową plebanię zbudowano dopiero w 1900–1902 według projektu Tomasza Bielskiego przy ulicy Książęcej (obecny numer 21).
W 1851 roku świątynię wyposażono w organy zbudowane przez wrocławskiego organmistrza Roberta Moritza Müllera, jednak w 1889 roku postanowiono wymienić je na nowocześniejsze; stary instrument przekazano parafii św. Marii Magdaleny w Tuchowiczu, co uchroniło go od zniszczenia.
W latach 1886–1895 przebudowany w stylu neorenesansowym przez Józefa Piusa Dziekońskiego.
Kościół został uszkodzony podczas obrony Warszawy we wrześniu 1939. 5 czerwca 1943 Niemcy aresztowali w świątyni członków organizacji „Osa”–„Kosa 30”, którzy brali udział w odbywającej się tam ceremonii ślubu kolegi.
Świątynia została zniszczona w wyniku bombardowania przez Niemców w 1944 (9 lub 11 września) i odbudowana w latach 1949–1952 w stylu klasycystycznym – przywrócono jej wygląd sprzed przebudowy w XIX wieku. Po 1945 rozważano zachowanie ocalałej lewej wieży świątyni jako symbolu wojennych zniszczeń, ale ostatecznie w 1951 została ona rozebrana.
W 1965 roku świątynia została wpisana do rejestru zabytków.