Od 1988 roku po raz pierwszy od czasu zakończenia II wojny światowej warszawska społeczność żydowska mogła odprawiać modły w synagodze z rabinem. W tym bowiem roku do Warszawy przybył ówczesny naczelny rabin Polski Pinchas Menachem Joskowicz. Od 1990 roku wspomagał go Michael Schudrich, rabin Warszawy i naczelny rabin Polski. W 1989 roku synagoga otrzymała od ofiarodawców ze Stanów Zjednoczonych nowy zwój Tory, który w pełni odpowiadał wymogom religijnym warszawskiej społeczności żydowskiej. Wcześniej bowiem brakowało takiego egzemplarza w WarszawieRafał Żebrowski: Dzieje Żydów w Polsce: Kalendarium, Warszawa 1993, ..
19 kwietnia 1993 roku podczas uroczystego nabożeństwa z okazji 50. rocznicy wybuchu powstania w getcie warszawskim, po raz pierwszy w historii stosunków chrześcijańsko-żydowskich biskup katolicki, arcybiskup Henryk Muszyński i rabin Warszawy Michael Schudrich modlili się wspólnie w synagodze.