O pochodzeniu sękacza istnieją rozmaite, zwykle sprzeczne ze sobą, legendy. Według jednej z nich najstarszy przepis pochodzi od wędrownego średniowiecznego czeladnika, który służąc u pewnego piekarza pierników w Berlinie zaznajomił go z ciastem, którego wyrób poznał w czasie pobytu w Chociebużu. Z Berlinem łączy też sękacz notatka z 1682 r. w dziele Johannesa Sigismunda Elsholza lekarza nadwornego elektora saskiego pt. Gewürztes Brot und von allerhand Gebackenes (Chleb korzenny i o wszelkich wypiekach), która wymienia Baumkuchen, po łacinie Placenta cylindrica, jako specjalność berlińską.
W Polsce tradycja uznaje, że pierwsze sękacze upieczono w miejscowości Berżniki koło Sejn na Suwalszczyźnie z okazji odwiedzin królowej Bony. Według innych podań sękacze zostały sprowadzone na Litwę z Niemiec przez Radziwiłłów, a następnie za pośrednictwem szlacheckich dworów trafiły do bogatszych chałup chłopskich.
Odmiany wpisane na listę produktów tradycyjnych Sękacz mazurski – wpisany na listę produktów tradycyjnych Ministerstwa Rolnictwa i Rozwoju Wsi dnia 1 stycznia 2006 roku w kategorii Wyroby piekarnicze i cukiernicze w woj.