Genealogia thumb|Zarys genealogii VI dynastii Anchnesmerire I i Anchnesmerire II były córkami arystokraty z Abydos imieniem Chui i żonami Pepiego I. Pierwsza była matką następcy Pepiego I – Merenre I i księżniczki Neit – przyszłej żony Pepiego II, druga była matką następcy Merenre I – Pepiego II. Tak więc Merenre I i Pepi II byli przyrodnimi braćmi, a przyszła żona Pepiego II, księżniczka Neit, była jego przyrodnią siostrą. Syn Chui, Dżau, był wezyrem na dworze Merenre I i Pepiego II. Wszystkie te koligacje wskazują na wzmocnienie pozycji arystokracji z Abydos, którą władca chciał mocniej związać z domem panującym w celu ustabilizowania sytuacji w kraju oraz zapobieżenia secesji Południa.
Żony W ciągu swego długiego życia Pepi II pojął kilkanaście żon, z których na uwagę zasługują: Neit – matka Merenrego II Antiemzafa, następcy Pepiego II, Iput II, Udżebten, Anchnespepi III – matka Neferkare II – faraona VIII dynastii, Anchnespepi IV. Małżeństwa w rodzinie królewskiej można określić jako kazirodcze, gdyż zgodnie z tradycją zawierane były pomiędzy blisko spokrewnionymi osobami – Neit była przyrodnią siostrą Pepiego II, a Iput jego bratanicą.