Instrument ten już w 1450 r. zastąpiony został nowym, wzniesionym przez Stephana Kaschendorfa. Nowe organy przetrwały znacznie dłużej, doczekując się remontów i przebudów w latach 1546–1547, 1603, 1617 i 1619Jarosław Stępowski, Organy kościoła św. Elżbiety we Wrocławiu, [w:] Z dziejów wielkomiejskiej fary. Wrocławski kościół św. Elżbiety w świetle historii i zabytków sztuki, red. M. Zlat, Wrocław 1996, s. 241.. W latach 1627–1629 Wilhelm Haupt wykonał na bazie organów Kaschendorfa nowy instrument. Uległ on zniszczeniu wraz z zawaleniem się kolumn nawy północnej kościoła w 1649 r.Piotr Oszczanowski, Przewodnik po bazylice św. Elżbiety we Wrocławiu, [w:] Bazylika św. Elżbiety, red. P. Oszczanowski, W. Bronz, Wrocław 2003, s. 6. W roku 1652 podjęto budowę nowego instrumentu organowego. Rozpoczęte przez Nikolausa Kassnera dzieło ukończone zostało w 1655 r. przez Christiana Crella. Organy posiadały 35 głosów i bogatą oprawę artystyczną w duchu baroku. Instrument wyremontowany został w 1712 r. przez Adama Horatio Caspariniego, który równocześnie konstruował nowy, oddany do użytku w 1718 r. instrument o 13 głosach, mający służyć kościelnemu chórowi.