Z końcem XIX wieku LIRR został nabyty przez inną sieć kolejową – , która była właścicielem sieci do 1965 roku, gdy wraz z jej bankructwem, Long Island Rail Road została przejęta przez nowojorski (MTA) i zintegrowana z siecią transportu publicznego strefy metropolitalnej Nowego JorkuThe history..., [online].. Wiązało się to z szybkim rozwojem transportu samochodowego po II wojnie światowej, co uczyniło szereg połączeń kolejowych nieopłacalnymi. thumb|Uruchomiona w 2023 roku stacja LIRR Grand Central Madison poniżej poziomu Grand Central Terminal na Manhattanie
LIRR Long Island Rail Road na początku XXI wieku była najczęściej wykorzystywaną siecią dojazdową w Stanach Zjednoczonych, z której korzystało około 350 000 pasażerów dziennie, podróżujących między Manhattanem, Brooklynem i Queens w Nowym Jorku i miejscowościami całego Long Island, co znacznie skróciło czas dojazdu do i z Nowego Jorku względem transportu samochodowego.