Po klęsce wrześniowej natychmiast zaangażował się w działalność konspiracyjną. Na przełomie 1939/1940 został mianowany komendantem Okręgu Rzeszowskiego Narodowo-Ludowej Organizacji Wojskowej. Wiosną 1940 podporządkował się jednak Zarządowi Głównemu SN i objął funkcję komendanta Okręgu Rzeszowskiego (tzw. Okręgu COP) Organizacji Wojskowej SN (późniejszego NOW). Jednocześnie przez cały okres okupacji hitlerowskiej był prezesem Zarządu Okręgu Rzeszowskiego SN. Redagował oficjalny organ prasowy obu organizacji w okręgu rzeszowskim – „Szczerbiec”.

Chociaż nie należał do zwolenników scalenia z AK, podporządkował się umowie scaleniowej i został zaprzysiężony do AK w Warszawie przez Komendanta Głównego AK gen. Stefana Roweckiego 19 listopada 1942, a 3 maja 1943 awansowany na stopień podporucznika. Akcję scaleniową w Okręgu Rzeszowskim NOW zakończył dopiero w marcu 1944 i został wówczas II zastępcą komendanta Podokręgu AK Rzeszów płk. Kazimierza Putka. Po wkroczeniu wojsk sowieckich na ziemie polskie, był zdecydowanie przeciwny ujawnianiu struktur konspiracyjnych. 2 sierpnia 1944 rozkazał, aby struktury organizacji i oddziały partyzanckie NOW-AK przeszły do głębokiej konspiracji, zerwały kontakty z innymi organizacjami i dozbrajały się.