13 czerwca 2018, na dwa przed pierwszym meczem reprezentacji Hiszpanii na mistrzostwach świata 2018 w Rosji, nagle zwolnił selekcjonera Julena Lopeteguiego po ogłoszeniu o podpisaniu przez niego kontraktu z Realem MadrytLopetegui destituido: Rubiales cesa a Julen Lopetegui a un día del Mundial de Rusia [data dostępu: 2018-06-13] Rubiales fulmina a Lopetegui a dos días del debut de España en el Mundial de Rusia [data dostępu: 2018-06-14] . Rubiales poinformował, że kluczowy wpływ na jego decyzję miał sposób ogłoszenia klubu o podpisaniu kontraktu z trenerem, poprosił klub o poczekanie z ogłoszeniem, jednak chwilę później władze Realu Madryt ogłosiły tę wiadomość. Julen Lopetegui zaledwie 20 dni wcześniej przedłużył kontrakt z RFEF do 2020 r.Lopetegui renueva hasta 2020 [data dostępu: 2018-05-22] . 7 lutego 2019 został członkiem Komitetu Wykonawczego UEFA, natomiast 29 maja 2019 prezydent UEFA Aleksander Čeferin mianował go wiceprezydentem związku. 21 września 2020, 95 głosami (przy 10 głosach wstrzymujących) ponownie został wybrany prezesem RFEF, na kadencję 2020–2024.