Wymiary czaszki poddane przez Esselstyna i współpracowników (2021) (w mm): długość od kłykcia potylicznego do siekaczy 20,91–24,32; szerokość puszki mózgowej 9,32–10,78; szerokość międzyoczodołowa 4,3–5,08; długość rostralna 8,45–10,09; szerokość podniebienna 3,7–4,38; szerokość rostralna 2,62–3,58; długość podniebienna 8,9–10,54; kłykieć do wydrążenia stawowego 7,78–8,9; długość górnego rzędu zębów 9,24–11,02; długość P4 do M3 5,17–6,24; szerokość wargowa od M2 do M2 6,37–7,52; szerokość podniebienia 2,45–3,19. Wzór zębowy: I C P M (x2) = 28.
Zębiełek czarnonogi ma liczbę diploidalną 38 i liczbę fundamentalną 56, z submetacentrycznymi chromosomami X i subtelocentrycznymi chromosomami Y.
Systematyka Gatunek po raz pierwszy zgodnie z zasadami nazewnictwa binominalnego opisała w 1921 roku para amerykańskich zoologów Gerrit Smith Miller i Ned Hollister w artykule poświęconym dwudziestu nowym ssakom zebranych przez Ravena na Celebes opublikowanym w czasopiśmie Proceedings of the Biological Society of Washington;