Pomimo że C. nigripes występuje endemicznie na Celebesie, filogenetycznie jest bliżej spokrewniony z gatunkami z szelfu Sunda, co sugeruje stosunkowo niedawną (być może w późnym pliocenie) kolonizację w Cieśninie Makasarskiej. Jego kariotyp (2n = 38) jest taki sam jak większość innych gatunków z szelfu Sunda, w odróżnieniu od kariotypu celebeskich Crocidura (2n od 30 do 34). Gatunkiem siostrzanym dla C. nigripes w zależności od badań jest C. palawanensis lub C. foetida. Autorzy Illustrated Checklist of the Mammals of the World rozpoznają dwa podgatunki, jednak według autorów analizy z 2021 roku pomiędzy podgatunkami nie ma żadnej geograficznie podzielonej różnorodności morfologicznej lub genetycznej – dlatego nie ma podstaw na ich wyróżnianie.
Etymologia Crocidura: krokis lub κροκός krokos ‘kosmyk wełny, przędza’; ουρα oura ‘ogon’. nigripes: ‘czarny’; pes, pedis ‘stopa’, od gr. πους pous, ποδος podos ‘stopa’. lipara: łac. liparus ‘lśniący’.
Rozmieszczenie geograficzne Zębiełek czarnonogi występuje endemicznie w Indonezji, zamieszkując w zależności od podgatunku: C. nigripes nigripes – północno-wschodnia półwyspową część Celebesu i wyspa Lembeh. C.