Focjusz przybył do Kijowa 1 września 1409, po czym wiosną roku następnego udał się do MoskwyA. Mironowicz, Kościół prawosławny w państwie Piastów i Jagiellonów, Wydawnictwo Uniwersytetu w Białymstoku, Białystok 2003, ss.168–173. Praktycznie od początku sprawowania urzędu metropolity pozostawał w konflikcie z wielkim księciem litewskim Witoldem i królem polskim Władysławem Jagiełłą, dla których zdaniem Mironowicza nieakceptowalna była procedura mianowania metropolitów kijowskich. Ponadto Focjusz reprezentował poglądy jednoznacznie antykatolickie i promoskiewskie.
Po przybyciu do Moskwy Focjusz apelował do wielkiego księcia moskiewskiego Wasyla I o zwrot majątków metropolii kijowskiej, z częściowym sukcesem. W latach 1411–1412 po raz ostatni odbył wizytę duszpasterską w litewskiej części metropolii. Zdaniem Antoniego Mironowicza Focjusz zaniedbywał te ziemie, wywożąc z nich kosztowności cerkiewne i pobierając wysokie opłaty, które następnie kierował do Moskwy. W 1412 spotkał się z jawną wrogością ze strony wielkiego księcia Witolda i Władysława Jagiełły. Dwa lata później, w czasie kolejnej wizytacji na Litwie, został przez Witolda wypędzony.