Ostatni okres wojny W listopadzie 1943 roku wraz z trzema towarzyszami z Kulmhofu – Lechem Jaskólskim, Henrykiem Maliczakiem i Kajetanem Skrzypczyńskim – został przydzielony do Sonderkommando Legath (znanego również jako Wetterkommando). Była to specjalna jednostka SS, która zacierała ślady zbrodni popełnionych przez Niemców w Kraju Warty. Zadaniem Mani i pozostałych Polaków było nadzorowanie około 50 żydowskich więźniów, którzy wykonywali prace związane z ekshumacją i paleniem zwłok. Ponadto pomagali wyszukiwać masowe groby, które w większości wypadków sami wykopali w latach 1940–1941. Wetterkommando zakończyło prace wiosną 1944 roku. Żydowscy więźniowie zostali wtedy rozstrzelani, natomiast Manię i pozostałych trzech Polaków odstawiono ponownie do Fortu VII, skąd zostali później wywiezieni do obozu karno-śledczego w Żabikowie.
Następnie, w transporcie z 23 czerwca 1944 roku, Mania został wywieziony do KL Auschwitz. Piotr Litka i Grzegorz Pawlikowski podają, że nie otrzymał numeru obozowego i prawdopodobnie nie był nawet traktowany jako więzień. Odmienną informację podaje Patrick Montague, według którego Mania otrzymał w Auschwitz obozowy numer 189 229.