Badania w locie myśliwca zostały ukończone pomyślnie 17 marca 1916 roku, po czym Idflieg złożyło zamówienie na 20 egzemplarzy seryjnych. Samoloty zostały wyprodukowane w zakładach Pflaza w Norymberdze, otrzymując numery ewidencyjne od 550/15 do 569/15. Uzbrojenie maszyn seryjnych stanowił pojedynczy, stały zsynchronizowany karabin maszynowy LMG 08/15 kalibru 7,92 mm.
Użycie Myśliwce Siemens-Schuckert E.I weszły do służby w Luftstreitkräfte w sierpniu 1916 roku. Maszyna o numerze 552/15 posłużyła do prób statycznych przeprowadzonych na lotnisku Johannisthal, kilka egzemplarzy trafiło do Riesenflugzeugabteilung 500 i 501, kilka do armijnych parków lotniczych, a większość zasiliła szkoły lotnicze (egzemplarze o numerach 561, 562 i 565–569/15 zostały skanibalizowane na części zamienne). Według stanu na 31 października 1916 roku w służbie bojowej na froncie zachodnim znajdowało się zaledwie pięć egzemplarzy E.I. Spowodowane to było pojawieniem się na froncie znacznie nowocześniejszych alianckich myśliwców Nieuport 11 i Airco DH.2.