Zdobycie fortecy spowodowało poniesienie licznych strat i trwało bardzo długo (do 24 czerwca), co doprowadziło do spadku morale u żołnierzy.
Sytuacja u obrońców Oblężeni, mimo początkowego przerażenia, utrzymywali się w ryzach dzięki sprawnemu dowodzeniu przez wielkiego mistrza zakonu, Jeana de la Valette, który licząc się z tym, że uchronić wyspę mogą tylko posiłki (obiecane przez króla Hiszpanii Filipa II), ze wszystkich sił angażował się w jak najdłuższe utrzymywanie pozycji (kosztem utraty życia ponad stu kawalerów zakonu oraz tysiąca żołnierzy – obrońców fortu św. Elma), by porażkami nie zniechęcić wicekróla Sycylii do udzielenia mu pomocy. Morale obrońców wzrosło, kiedy przybyła licząca około 700 żołnierzy odsiecz zwana Piccolo Soccorso, co dowodziło, że nie zapomniano o kawalerach i że odsiecz jest możliwa. Mimo to stan umocnień obronnych był krytyczny, gdyż ostrzał wojsk osmańskich trwał nieustannie.