Jest on do dziś wystawiany w Muzeum Kościelnym Miasta Aschaffenburg. Od momentu przybycia elektor von Brandenburg nad Men prowadzona była pomiędzy nim a Marcinem Lutrem słynna wymiana listów dotyczących kwestii odpuszczenia grzechów i zbawienia duszy.
thumb|Bazylika Mniejsza oraz Muzeum Kościelne
W 1516 roku kolegiata Świętych Piotra i Aleksandra zleciła Matthiasowi Grünewaldowi wykonanie malowideł ołtarza. W wyniku tzw. aschaffenburski zamek uległ zniszczeniu w 1552 roku. Dopiero w 1605 roku zlecił jego odbudowę, która została pomyślnie zakończona w 1619 roku. Na pamiątkę jego fundatora zaczęto go nazywać Johannisburgiem. W latach 1631–1634 Aschaffenburg stanowił część państwa szwedzkiego z centrum administracyjnym w Moguncji.
thumb|left|Schloss Johannisburg
Po opanowaniu Moguncji przez Francuzów w 1798 roku, Aschaffenburg stał się główną siedzibą mogunckich arcybiskupów-elektorów. W 1803 roku Karl Theodor von Dalberg (ostatni moguncki arcybiskup i elektor Rzeszy Niemieckiej, jak i zarazem jej skarbnik) utworzył Księstwo Aschaffenburga. Przez siedem lat miasto pełniło funkcję stolicy państwa. W okresie 1810–1813 Aschaffenburg był siedzibą najwyższych władz Wielkiego Księstwa Frankfurtu, w które to przeistoczyło się wcześniejsze Księstwo Aschaffenburga. Pod koniec tzw.