Później (być może w 1940 roku) został administratorem parafii Huta Nowa należącej do dekanatu Buczacz. Posługiwał tam do 1944 roku. W czasie pierwszej okupacji sowieckiej wraz z parafianami angażował się w przerzut polskich oficerów za granicę, ukrywał ludzi zagrożonych wywózką na Syberię. Podczas okupacji niemieckiej wykupywał aresztowanych i uwięzionych. Był kapelanem Armii Krajowej o pseudonimie "Ketlin" lub "Ketlicz" w stopniu kapitana. Jednocześnie udzielał pomocy Żydom, m.in. doktorowi Bandlerowi z Monasterzysk. Po śmierci ks. Mikołaja Ferensa przejął po nim opiekę nad Żydówką Ewą Trauenstein-Turzyńską i jej synem Leonem Trauensteinem. Inicjował powoływanie patroli samoobrony w wioskach swojej parafii, w związku z zagrożeniem napadami ukraińskich nacjonalistów. Obawiając się zamachu na swoje życie, przeniósł się w marcu 1944 roku do Monasterzysk. Miesiąc wcześniej zamordowano jego bratanka Józefa Kanię.
Według ks. Józefa Wołczańskiego ekspatriowany na Dolny Śląsk, gdzie w 1947 roku objął stanowisko administratora parafii Jordanów Śląski. Z kolei Andrzej Obecny twierdzi, że ks. Kania w 1945 wrócił do Bełza, gdzie do 1 lipca 1948 roku był proboszczem swojej dawnej parafii. Potem miał krótko przebywać w Zielenicach k.