W czasie okupacji Niemcy wysiedlili część Polaków, a na ich miejsce sprowadzili Niemców wołyńskich. Kościół został zamknięty, a na plebanii utworzono placówkę Hitlerjugend. Jej członkowie spalili bibliotekę, wysiedlili proboszcza, ks. Bolesława Rosata, który zginął w Dachau, a kościół został zniszczony i zbezczeszczony. We dworze osiadł Niemiec Edward Buske i gospodarował tu jak właściciel do końca wojny.
Zabytki Parafię w Kliczkowie Małym ustanowił w 1590 r. bp Karnkowski na prośbę starosty sieradzkiego i dziedzica wsi Sebastiana Tarnowskiego, który w tym czasie wybudował tu kościół Wniebowzięcia NMP, uposażając go czynszami i zbożem. Poprzednio Kliczków należał do parafii w Charłupi Wielkiej. W miejsce zużytego poprzedniego kościoła dziedzic Roch Tarnowski wystawił obecny drewniany kościół w 1764 r. pw. św. Jana Nepomucena. Jest to budowla drewniana, konstrukcji zrębowej, oszalowana, z dachem krytym gontem. Drewniana dzwonnica współczesna kościołowi. Wystrój wnętrza jest barokowy.