Na ziemiach polskich zagarniętych przez Królestwo Prus Kościół został całkowicie podporządkowany państwu, a klasztory skasowane. Choć sekularyzacja była motywowana kryzysem finansowym skarbu pruskiego na skutek klęski w wojnach z Napoleonem, jej efektem było zmniejszeniu roli religii w społeczeństwie. Główny nacisk został położony na odizolowanie Kościoła katolickiego od Stolicy Apostolskiej. Majątek kościelny został odebrany i przejęty przez zaborcę, a biskupi katoliccy zmuszeni do składania przysięgi na wierność królowi pruskiemu. Rząd pruski podjął na szeroką skalę akcję germanizacji językowej i protestantyzacji ziem polskich, polegającą m.in. na sprowadzaniu z głębi Prus protestantów, i osiedlaniu ich na anektowanych terenach I RzeczypospolitejFlorentyna Rzemieniuk: Unici Polscy 1596–1946. Siedlce 1998, s. 31–32..
Po przegranej wojnie Prus z Napoleonem na początku XIX wieku na ludność polską i jej język spadła kolejna fala ograniczeń przejawiających się w nakaz stosowania języka niemieckiego i w próbie likwidacji polskojęzycznych katolickich nabożeństw.