W następnych stuleciach nastąpił szybki wzrost gospodarczy miasta, rozwijał się handel i kultura. Mieszczanie wraz z rycerstwem rozbudowali klasztor oraz szpital (1376/78 włączony do murów miejskich). W 1336 rozpoczęto budowę kościoła św. Jakuba (St. Jakob), który przyciągał wielu pielgrzymów. W tym czasie miasto było jednym z 20 największych miast Świętego Cesarstwa Rzymskiego. Liczba ludności wynosiła około 5500 osób w obrębie murów miejskich oraz ok. 14 000 w promieniu ok. 240 km. Od XV-XVI wieku miasto przeżywało rozkwit, zakładano pracownie drukarskie, rozwijał się handel i rzemiosło, wysokim prestiżem cieszył się rothenburgski patrycjat. 30 października 1631 r., podczas wojny trzydziestoletniej, miasto zostało zdobyte przez wojska cesarskie pod dowództwem Johanna von Tilly. W 1634 okupujące wojska opuściły Rothenburg zostawiając je złupione i mocno zniszczone. Przez niemal cały XVII wiek mieszczanie odbudowywali miasto, odradzały się dawne pracownie, rozwijał się handel. Od 1803 miasto stało się częścią Królestwa Bawarii. Dzięki artystom w latach osiemdziesiątych XIX wieku Rothenburg został na nowo odkryty. Rajcy stworzyli ustawy zapobiegające poważnym zmianom urbanistycznym w mieście. W 1945 r. miasto znalazło się na osi natarcia wojsk amerykańskich.