29 maja 2013 roku Aykut Kocaman zrezygnował z funkcji menadżera tureckiego klubu. Jak sam twierdził powodem jego odejścia było wyczerpanie. Tak więc sezon 2013/14 Fenerbahçe rozpoczęło z nowym szkoleniowcem – Ersunem Yanalem. Do klubu zostali sprowadzeni Bruno Alves, Samuel Holmén, Alper Potuk, Michal Kadlec oraz Emmanuel Emenike. Występy w Lidze Mistrzów drużyna zakończyła na rundzie play-off, ulegając 0:5 Arsenalowi. 25 czerwca 2013 roku Komitet dyscyplinarny Europejskiej Unii Piłkarskiej (UEFA) na dwa lata odsunął od wszystkich rozgrywek międzynarodowych turecki klub. Powodem podjęcia tak drastycznych decyzji był udowodniony udział klubu w ustawianiu wyników meczów Süper Lig w sezonie 2011. 16 maja 2014 roku klub wywalczył dziewiętnaste w historii mistrzostwo Turcji. Z powodu zakazu nie mógł wystąpić w rozgrywkach Champions League.
Latem 2014 roku klub dokonał jednego wzmocnienia. Do drużyny dołączył pozyskany już w czerwcu brazylijski pomocnik Diego, który przeniósł się nad Bosfor na zasadzie wolnego transferu. 25 sierpnia 2014 roku zespół ze Stambułu pokonał lokalnego rywala Galatasaray SK 3:2 w serii rzutów karnych, gdyż po dziewięćdziesięciu minutach utrzymywał się bezbramkowy remis.